El Órgano de Dirección es  la  Gerencia Regional de la Producción, responsable de gestionar, dirigir, coordinar, ejecutar y supervisar el cumplimiento de  las actividades del sector y evaluar el funcionamiento de Unidades Orgánicas a su cargo. La Gerencia Regional de la Producción  está a cargo de un Gerente Regional, designado con cargo de confianza, según  la Ley  marco del empleo público 28175, sus funciones son:

• Formular, aprobar, dirigir, ejecutar, supervisar y evaluar las políticas regionales del sector Producción; en armonía con la política general del Estado y los planes de Gobierno.
• Dirigir y supervisar las actividades de los órganos dela Dirección Regionaldela Produccióny dela Dirección Zonaldela Producción– Mariscal Nieto y Oficina Zonal General Sánchez Cerro.
• Coordinar con los organismos de la administración pública, las entidades u organizaciones del sector privado y la sociedad civil, las actividades vinculadas en el ámbito de su competencia.
• Suscribir los acuerdos en materia de promoción de la competitividad y desarrollo de la productividad, relacionados con el sector productivo regional y otros materia de su competencia o por encargo expreso.
• Designar la encargatura dela Dirección Zonaldela Producciónde Mariscal Nieto yla Oficina Zonal  General Sánchez Cerro, así como a los representantes dela Dirección Regionaldela Producciónante cualquier Comisión o Grupo de Trabajo.
• Visar y refrendar las Resoluciones Directorales de actos administrativos, que por mandato legal le corresponden en el ámbito de su competencia.
• Concertar y suscribir los convenios y acuerdos relacionados con las actividades del sector o aquellas  que le sean expresamente encargados, en coordinación con el Ministerio dela Produccióno el Gobierno Regional Moquegua.
• Elaborar políticas orientadas a la promoción y desarrollo sostenible de las empresas del sector con miras a generar empleo desde el sector privado.
• Orientar el accionar dela Dirección Regionaldela Producciónacorde con las necesidades e intereses de la población de la región Moquegua donde se aplican las políticas del sector o se desarrollan proyectos específicos. Asimismo brindar soporte y facilitación para el acercamiento del sector empresarial y la población.
• Presidirla Comisión Regionalde Sanciones de Moquegua, encargada de la evaluación de las infracciones administrativas a la normatividad pesquera por el ejercicio de las actividades pesqueras artesanales  y las actividades continentales de mayor y menor escala  y otros procesos sancionadores delegados conforme a la normatividad vigente.
• Delegar las facultades y atribuciones que no sean privativas de su cargo de Director Regional; y
• Las demás atribuciones que la ley establezca, así como aquellas que le encomiende el presidente dela Región.

La Gerencia Regional de la Producción depende jerárquicamente de la Gerencia  de Desarrollo Económico del Gobierno Regional Moquegua y técnica y funcionalmente del Ministerio de la Producción, y mantiene relaciones de coordinación con los Viceministerios de Pesquería e Industria, unidades orgánicas y organismos públicos desconcentrados del sector Producción.